Ljønesøya naturreservat ligger i Bodø kommune i Nordland. Naturreservatet omfatter Ljønesøya i Skjerstadfjorden, og grunnområdet rundt øya. Området har et areal på 3 524 dekar, hvorav 3 037 dekar sjøareal. Området er vernet for å ivareta den viktigste hekkelokaliteten for ærfugl i Skjerstadfjorden.